En su amplia experiencia investigadora, cuenta con la obtención de varias becas, como Beca de la Fundación March (1979-80), Beca Fulbright post-doctoral en la Universidad de Pennsylvania (Philadelphia, USA, 1986) y Beca DGICYT para investigadores doctores en la Universidad de Cambridge (U.K., 1990). Así mismo, ha sido investigador principal de cuatro proyectos de investigación nacionales (DGCIT, 1986, 1990, 1999, 2006) e investigador asociado en otros tres (1994 (2) y 2003).
Antonio Maldonado es autor de dos libros y cuenta con más de 10 capítulos en libros especializados y más de 70 publicaciones especializadas en revistas internacionales de alto impacto. A lo largo de su carrera profesional, ha obtenido cinco Tramos de Investigación reconocidos y actualmente es miembro del comité editorial de 6 revistas especializadas, habiendo participado en más de 15 revistas nacionales e internacionales.
Así mismo, ha sido Director del Departamento de Psicología Experimental (cuatrienio 1992-1996), Presidente y miembro de la Comisión deontológica del Colegio de Psicólogos (1996-2000), Supervisor de Terapia Cognitivo-Conductual del Programa P.I.R. ( I.A.S.A.M., Junta de Andalucía, 1989-90), Miembro fundador y 1º Secretario de la SEPC (1987, Sociedad Española de Psicología Comparada) y Presidente-Organizador de 2 Congresos Internacionales de la SEPC (1988 y 2000). También ha sido miembro de la APA (American Psychological Association, 1987-2003), y actualmente es miembro electo de la SEPEX (Sociedad Española de Psicología Experimental, 1998) y de la ESCOP (European Cognitive Psychology Society, 2003), así como pertenece al Instituto de Neurociencias de la Universidad de Granada (2001).